耳鼻喉科组建于1986年，1995年被评为首批苏州市重点中医专科；2007年又被确定为江苏省农村中医特色专科；2012年入选成为国家级中医重点专科建设单位。2015年科室年门急诊量4.8万余人次，住院患者达1768人次，手术1000余台次。医师团队中有高级职称4人，张家港市名中医王耀华为该科创始人，为中华中医药学会耳鼻喉科专业委员会委员、江苏省中医药学会耳鼻喉科专业委员会副主任委员。科主任董红军副主任医师是中华中医药学会耳鼻喉科专业委员会委员、江苏省青年中医学会常务委员、江苏省中医药学会和江苏省中西医结合学会耳鼻喉科专业委员会委员，张家港市学科带头人。科室在该市及周边地区享有较高声誉，并于2012年成立吴门医派马氏喉科传承工作室，并出版《吴门马氏喉科荟萃》一书。
　 “发展中医特色，中西医并重全面发展”是该科的立科之本。目前，科室设有过敏性鼻炎、鼻窦炎、鼾症、咽喉病四个特色专病门诊；多项科研成果获得了张家港市科技奖，其中有两项获省市级立项。2012年以来已经多次承办耳鼻喉科省级继续教育项目。
科室特色
　　一、设备先进
在全市率先引进了高清电子鼻内窥镜、动态喉镜和高清电子鼻咽喉镜、耳内窥镜、128导呼吸睡眠监测仪、手术显微镜、电测听及阻抗仪、脑干诱发电位仪、鼻阻力、鼻科耳科手术动力系统、低温等离子治疗仪、二氧化碳激光等一大批先进的进口诊疗设备。
　　二、技术领先
在该市率先开展了鼾症手术、喉显微及喉切除术、下咽癌的手术切除及修复、巨大咽旁间隙肿瘤切除等头颈部的各种肿瘤切除及淋巴清扫等高难度手术，多次成功抢救了各种耳鼻喉科急诊及头颈部重大复合型外伤，以及食道假牙、手表、刀片等高难度食道和气管异物取出。
　　三、中医药特色鲜明
　　科室开展10余种中医特色适宜技术，如“雷火灸、针灸、耳穴埋籽、穴位敷贴”，临床运用后广受各位患者的好评。同时科室开发的自制制剂“鼻炎康颗粒”、“健儿冲剂”、“开音颗粒”、“耳鸣颗粒”、“清咽漱剂”等系列中药广泛应用临床，同时还推出吹口药治疗咽喉病、理疗、穴位敷贴、中药膏方、针灸、中医烙法治疗等有明显中医特色的治疗疗法，简、便、验、廉，深受患者好评。自2009年以来，科室每年“冬病夏治”穴位敷贴达到了10000人次以上，并逐年增长显著，有越来越多的患者感受到了祖国医学的经典魅力。